V roku 2004 obhájil diplomovku na Ostravskej univerzite na tému Kolektívne investovanie. Do druhej Babišovej vlády nastúpil koncom júna spoločne s Malou a Krčálom. Po plagiátorských kauzách jeho ministerských kolegov sa pozornosť obrátila i na jeho prácu.
České médiá prišli s tvrdením, že Metnar vo svojej diplomovke dostatočne neuvádzal citované zdroje. Ostravská univerzita ju preskúmala a následne vyšla so záverom, že ministrova práca nie je plagiát. Metnar tak napokon zotrváva vo funkcii šéfa rezortu obrany dodnes.
Pochybnosti vzhľadom na plagiátorstvo sa však u našich západných susedov netýkali len vládnych predstaviteľov. S obviňovaním z opisovania sa stretla aj vládna protidrogová koordinátorka Jarmila Vedralová, ktorá v roku 2005 odovzdala diplomovú prácu na Univerzite Palackého v Olomouci. Tá po preskúmaní práce uviedla, že vo Vedralovej prípade nejde o plagiátorstvo, ale o významné pochybenie pri citovaní zdrojov. Podobný verdikt vyniesla aj pražská Univerzita Karlova, kde koordinátorka v roku 2001 obhajovala svoju bakalársku prácu. Vedralová tak dosiaľ pokračuje vo svojej funkcii.
Podľa expertov spočíva jeden z hlavných problémov v Česku či na Slovensku nielen v snahe študentov obísť systém, ale aj v kvalite samotných vzdelávacích inštitúcií. Tie mnohokrát nemajú dostatočné kontrolné systémy, ako takýmto prípadom zabrániť, a často dokonca ani záujem. V tejto súvislosti sa v uplynulých rokoch objavilo hneď niekoľko podozrení, že prominentní študenti si svoje tituly predovšetkým na menších univerzitách jednoducho kúpia. Získajú ich pritom podstatne rýchlejšie než bežní vysokoškoláci, ktorí absolvujú celé štúdium v riadnych termínoch.