A to aj napriek tomu, že v polovici 90. rokov boli obaja blízkymi spojencami a Zeman videl v Sobotkovi budúcnosť českej sociálnej demokracie. V roku však došlo k situácii, keď sa Sobotka obrátil Zemanovi chrbtom pri voľbe prezidenta. To mu súčasný prezident dodnes nezabudol a svoju nevôľu mu dával pri každej príležitosti pocítiť.
Ak sa teraz podarí novú vládu zostaviť Andrejovi Babišovi, dá sa očakávať, že vzťahy medzi premiérom a prezidentom budú fungovať predsa len podstatne lepšie, než za Sobotkovej éry. Krátko po svojo víťazstve to naznačil samotný Zeman, keď povedal, že nebude Babiša vydierať príliš krátkym termínom pre vymenovanie jeho vlády.
Navyše, Babiš pred prezidentskými voľbami verejne podporil Zemana. To mu však podľa expertov nedáva záruku, že mu teraz prezident vo všetkom vyjde v ústrety. „Dá sa očakávať, že si Zeman bude presadzovať svoje záujmy. On potreboval Babiša pred svojim zvolením. Išlo mu o to, aby Babiš nepostavil svojho kandidáta, čo sa mu aj podarilo. Teraz ho už príliš nepotrebuje. Môže to vyústiť do konfliktov,“ uviedol v rozhovore pre HN televíziu český politológ Jiří Pehe.
Mnohí ľudia podľa neho pred voľbami predpokladali, že sa v Česku vytvorí určitý mocenský tandem Zemana a Babiša. „Myslím si však, že v skutočnosti sa Zeman bude snažiť nastoliť si svoju vlastnú nadvládu. Babiš to rozhodne nebude mať jednoduché.“
V najvyššom poschodí moci nemôžu byť podľa Peheho dvaja rovnocenní lídri. A práve prezident je teraz podľa Peheho v pozícii, keď si môže vynútiť, aby tou vodcovskou osobnosťou bol práve on.