Prof. Payer sa narodil v Bratislave v lekárskej rodine. Je štvrtým pokračovateľom lekárskej dynastie a v jeho šľapajach pokračuje aj jeho syn. Po ukončení gymnaziálneho štúdia sa rozhodol pre štúdium medicíny na Lekárskej fakulte UK v Bratislave, ktoré aj úspešne v roku 1983 ukončil.
Nastúpil na I. internú kliniku LFUK a FN Bratislava, kde zotrval do roku 2004. Počas tohto obdobia získal atestáciu z internej medicíny I. a II. stupňa, ako aj atestáciu z endokrinológie. V roku 1994 obhájil titul kandidáta vied a v roku 1997 habilitoval za docenta vnútorného lekárstva.
Profesorom vnútorného lekárstva Lekárskej fakulty UK bol menovaný v roku 2002. V roku 2004 prestúpil do Nemocnice Ružinov, kde začal budovať V. internú kliniku LFUK a UNB, ktorá je dnes najväčšou internou klinikou v Bratislave. Prof. Payer stojí na jej čele ako prednosta kliniky do dnes. V roku 2014 mu Royal College of Physician v Londýne udelil čestný titul FRCP. Od februára 2015 vykonáva funkciu prvého prodekana LF UK.
Prof. Payer zastáva aj mnohé iné funkcie. Je hlavným odborníkom MZ SR pre odbor endokrinológia. Do roku 2018 bol aj hlavným odborníkom MZ SR pre odbor vnútorné lekárstvo. Je mienkotvornou osobnosťou pri koncepcii endokrinológie, osteológie a vnútorného lekárstva na Slovensku.
Angažuje sa pri zavádzaní nových najmodernejších modalít diagnostiky a liečby interných chorôb. Ako člen kategorizačnej a katalogizačnej komisie na MZ SR sa aktívne podieľa na tvorbe liekovej politiky. Od roku 2020 je predsedom komisie MZ SR a odborným garantom pre Štandardné diagnostické a terapeutické postupy a Postupy pre výkon prevencie MZ SR.
Prof. Payer má bohatú publikačnú činnosť, je autorom a spoluautorom viac ako 16 kníh a asi 1 170 publikácií v domácej a zahraničnej literatúre. Veľká časť jeho profesionálneho záujmu je venovaná osteológii. Je uznávaným odborníkom podieľajúcim sa rozhodujúcou mierou na koncepcii starostlivosti o pacientov s osteoporózou, ktorá je na Slovensku na špičkovej úrovni i v celosvetovom meradle.
Na Slovensku vybudoval nový odbor, ktorý má význam na zlepšenie kvality života obyvateľstva ako aj zníženie mortality na osteoporotické zlomeniny. Jedná sa o odbor, pri ktorom je dôležitá interdisciplinárna spolupráca. A aj tu sa prejavili jeho manažérske schopnosti integrácie rozličných odborníkov pri koncepcii osteológii. Prof. Payer je pozývaným prednášateľom aj na medzinárodné osteologické kongresy.
Je medzinárodne uznávaným odborníkom v osteológii, Slovensko reprezentuje ako člen panelu expertov EÚ pre problematiku osteoporózy pri Európskom parlamente. Špecializuje sa hlavne na problematiku liečby osteoporózy a problematiku sekundárnej osteoporózy. Je taktiež editorom prvej slovenskej monografie „Osteoporóza“, ktorá vyšla v roku 2012.
Prof. Juraj Payer zasvätil svoj život medicíne, ktorú berie ako životné poslanie. Drží sa princípu, že zdravotníctvo primárne slúži pacientom a nie naopak.