Keď 1. septembra 1992 nastupoval do tmavého BMW a smeroval do Prahy, isto nečakal, že to bude jeho posledná cesta. Nielen ako politika. Na diaľnici na Vysočine neďaleko Humpolca totiž rýchlo idúce auto dostalo šmyk a preletelo zvodidlá.
Dubček sa vzadu nikdy nepripútaval a to sa mu zrejme stalo osudným. Z auta vypadol a okrem poranenej chrbtice mal viacero vážnych zranení. O život bojoval viac ako mesiac. Nehoda, ktorú vtedajšia polícia vyšetrila dosť nedbalo, sa čoskoro stala predmetom rôznych teórií a konšpirácií. Aj preto, že šofér, ktorý viezol Dubčeka prvýkrát, odmietol na súde vypovedať.
Premiér Robert Fico si na 49. výročie invázie vojsk Varšavskej zmluvy do Československa uctil pamiatku Alexandra Dubčeka:
Nejasnosti sa týkajú napríklad polohy tiel, ako ich našla záchranka, z miesta záhadne zmizla Dubčekova aktovka, špekulovalo sa tiež, prečo ho odviezli do Nemocnice Na Homolce v Prahe, keď boli bližšie zdravotnícke zariadenia a s lepším vybavením na takéto vážne stavy.
Teóriu o atentáte však spochybňuje aj historik Stanislav Sikora. „Musím konštatovať, že seriózny historik nemá možnosť sa k týmto záležitostiam meritórne vyjadriť, lebo nemá k dispozícii objektívne overené fakty.“
Vychádzajúc z československých politických tradícií konštatuje, že atentáty na politických predstaviteľov neboli pre naše územie charakteristické. Jediným československým politikom, na ktorého spáchali atentát, bol totiž minister financií Alois Rašín, a to ešte v roku 1923.
„Skôr by som povedal, že Dubček ako poslanec Federálneho zhromaždenia sa už v tom čase nenachádzal v siločiarach hlavného prúdu politického vývoja a vtedajšia spoločnosť bola priam zahltená inými kauzami – napríklad veľkou i malou privatizáciou, procesom rozpájania česko-slovenskej federácie a v širších súvislostiach aj bojom o charakter česko-slovenského štátu a neskôr českého a slovenského,“ dôvodí.
„S najväčšou pravdepodobnosťou nešlo o atentát, ale o zhluk nešťastných náhod a o mimoriadnu ľahostajnosť a nezodpovednosť pri ich vyšetrovaní, prameniacich v spomínaných dobových okolnostiach.“