Dosahoval úspechy v oblasti aerodynamického zdokonaľovania leteckých strojov, bol konštruktérom prvého lietadla s raketovým či prúdovým pohonom, prvenstvá si pripísal takisto s lietadlom, ktoré malo zaťahovací podvozok, či ktoré umožňuje katapultovanie pilota.
Heinkelove vynálezy a vylepšenia na jednej strane formovali a zdokonaľovali leteckú prepravu, jeho meno sa však zároveň spája s nacistickým režimom a hrôzami spôsobenými nemeckou Luftwaffe počas druhej svetovej vojny.
Ernst Heinrich Heinkel sa narodil v nemeckom Grunbachu (dnes súčasť Remshaldenu) 24. januára 1888. O lietanie sa zaujímal od detstva, a tak po vyučení v zlievarni začal študovať strojárstvo na Kráľovskom technologickom inštitúte v Stuttgarte. Ako študent sa stal v auguste 1908 v neďalekom Echterdingene očitým svedkom skazy vzducholode Zeppelin. „Lietajúce cigary“, ako vzducholode kedysi prezývali, v tom čase vládli oblohe, o slovo sa ale už začínali hlásiť lietadlá. Práve spomínaná tragická udalosť nasmerovala ďalšie Heinkelovo štúdium a jeho aktivity k nim.
O dva roky už mal za sebou stavbu prvého vlastného lietadla. Dvojplošník typu Farman zostrojil v kôlni a absolvoval s ním aj niekoľko letov. V júli 1911 však pri jednom z nich havaroval a utrpel ťažké zranenia.
Heinkela to však neodradilo. Hneď ako sa zo zranení vyliečil, zamestnal sa ako dizajnér v leteckej spoločnosti Luftverkehrsgesellschaft v Johannisthale pri Berlíne a o rok neskôr prešiel do do firmy Albatros, kde navrhol prieskumné lietadlo Albatros B.II., ktoré nemecké letectvo využívalo v úvodnej fáze prvej svetovej vojny.
Počas nej už ale Heinkel pôsobil u iného výrobcu a opäť v kariére postúpil o čosi vyššie. V spoločnosti Brandenburgische Flugzeugwerke sa totiž stal nielen hlavným dizajnérom, ale aj technickým riaditeľom.
Po vojne to však s jeho snom o konštruovaní lietadiel nevyzeralo ružovo. Podľa Versailleskej mierovej zmluvy totiž pre porazené Nemecko platili pri vývoji a výrobe lietadiel tvrdé obmedzenia. Heinkel si najprv si v rodnom Grunbachu otvoril opravárenskú dielňu, v ktorej prerábal bývalé vojenské vozidlá, až napokon v roku 1922 založil vo Warnemünde pri Rostocku vlastnú spoločnosť Ernst Heinkel Flugzeugwerke.
Kontrakty získal v zahraničí. Licencovanú výrobu cvičných civilných lietadiel rozbehol vo Švédsku, pre japonské námorníctvo skonštruoval dvojplošník, ktorý štartoval z paluby lode pomocou katapultu. Podobný systém zaviedol aj v Nemecku, na lodiach Bremen a Europa, z ktorých štartovali jeho hydroplány určené na prepravu pošty.
Na začiatku tridsiatych rokov zamestnal Heinkel vo svojej firme bratov Siegfrieda a Waltera Günterovcov. Bol to skvelý ťah, už po roku vzlietlo prvýkrát rýchle dopravné lietadlo He 70, ktoré bolo dielom týchto mladých leteckých konštruktérov. Jednomotorový dolnoplošník s eliptickými krídlami mal zaťahovací podvozok a dosahoval rýchlosti viac než 370 km/h, takže bol výkonnejší ako vtedajšie stíhačky. Už v rámci letových skúšok vytvoril osem svetových rekordov a v júni 1934 ho do prevádzky zaradila spoločnosť Lufthansa, ktorá si jeho vývoj objednala.
To už boli v Nemecku pri moci nacisti a keďže Hitler urobil s versailleskej zmluvy zdrap papiera a pustil sa do zbrojenia, Ernst Heinkel, ktorý sa stal tiež členom nacistickej strany, bol spokojný. Opäť mohol pracovať na vývoji lietadiel bez obmedzenia a jeho firma vyzbrojovala Luftwaffe. Spomedzi všetkých lietadiel, ktoré vyrábala bol asi najznámejší bombardér He 111.
Heinkela ale zaujímalo najmä lietanie vo vysokých rýchlostiach. Bolo mu jasné, že vrtuľové lietadlá majú svoje limity, cez ktoré sa nedostanú a treba vyvinúť niečo nové. A tým niečím novým bol raketový motor. S ním experimentoval aj Wernher von Braun, ktorému Heinkel pre tento účel poskytol lietadlá. Na vývoji sa ale pracovalo aj v jeho firme a práve z Heinkelovej iniciatívy v júni 1939 nielen uzrelo svetlo sveta, ale aj vzlietlo experimentálne raketové lietadlo He 176, vôbec prvé, ktoré bolo poháňané iba raketovým motorom na kvapalné palivo.
Súbežne sa vo firme pracovalo aj na ďalšom experimentálnom stroji a dva mesiace po He 176 úspešne vzlietol aj Heinkel He 178, prvé lietadlo na svete poháňané prúdovým motorom. Ernst Heinkel zorganizoval predvádzaciu akciu pre ríšske ministerstvo letectva, jeho zástupcovia a vrchné velenie Luftwaffe ale nad revolučným strojom ohrnuli nosom a projekt nepodporili. On sa však sa nedal odradiť a so svojimi spolupracovníkmi išiel ešte ďalej. O dva roky napokon uzrela svetlo sveta už dvojmotorová prúdová stíhačka He 280, prvý bojový stroj tohto druhu na svete.
Počas druhej svetovej vojny síce ani jedno z týchto revolučných lietadiel do bojov nezasiahlo, v jej záverečnej fáze však Nemci predsa len jeden Heinkelov moderný stroj na front nasadili. Vo februári 1945 sa vo výzbroji Luftwaffe objavila jednoduchá prúdová stíhačka He 162 Spatz, prezývaná Volksjäger, čiže ľudový stíhač. V tom čase už bola však Tretia ríša na pokraji kolapsu, ktorý nemohli odvrátiť ani moderné zbrane.
Heinkel bol v období nacistického režimu na vrchole slávy, dostával vyznamenania, čestné doktoráty, rôzne ocenenia. Na druhej strane sa ale s Hitlerovým režimom dostával do konfliktu. Kritizoval ho už keď musel prepustiť z firmy všetkých židovských zamestnancov, medzi ktorými boli aj viacerí schopní konštruktéri a dizajnéri. Oveľa väčší úder ale prišiel v roku 1943, keď ho nacisti o firmu pripravili. Akciová spoločnosť Ernst Heinkel, ktorá vznikla, nebola vo svojej podstate ničím iným, ako zoštátnením podniku. Jeho zakladateľovi síce ponechali pomerne veľký podiel, kontrolu nad firmou ale stratil.
Na konci vojny aj on skončil v rukách Spojencov, zakrátko ho však prepustili. Opakovalo sa ale to isté, čo po roku 1918. Nemecko nesmelo vyrábať lietadlá, Heinkelova bývalá firma bola zrušená, stroje v továrňach zdemontované a odvezené. Jeho sen o vývoji čoraz modernejších a rýchlejších lietadiel sa, tentokrát už naozaj, rozplynul.
K podnikaniu sa síce po niekoľkoročnej prestávke vrátil, najprv ale musel očistiť svoje meno. „Tí, čo ma poznajú, vedia že som bol a zostal antifašistom. Od roku 1933 som síce bol členom nacistickej strany, nebol som ale nacista. Naopak, s gauleitermi, kreisleitermi a ďalšími funkcionármi som mal neustále konflikty a problémy,“ napísal po vojne v brožúre nazvanej Vzťah prof. Dr. Ing. Ernsta Heinkela k národnému socializmu, ktorú sám vydal a distribuoval. Napriek tejto verejnej obhajobe bol v roku 1948 ako bývalý člen nacistickej strany a prominent režimu opätovne zatknutý. Napokon sa mu ale podarilo preukázať svoju nevinu a prepustili ho. Jeho snaha o vrátenie zabaveného majetku bola ale zbytočná.
V roku 1950 si teda otvoril v Stuttgarte a o štyri roky v Karlsruhe nové firmy, v ktorých začal vyrábať motory a neskôr aj skútre a miniautá. Vynálezca, letecký priekopník, konštruktér a podnikateľ Ernst Heinkel zomrel v januári 1958, šesť dní po dovŕšení sedemdesiatky.