Od nedele 28. mája 2006 došlo k 2. plánovanej zmene cestovného poriadku. V medzištátnej železničnej doprave sa posilňuje osobná železničná doprava z Čiernej nad Tisou na Ukrajinu. Vo vnútroštátnej osobnej doprave sa zrušilo 12 osobných vlakov a zaviedlo 16 nových vlakov. V osobnej doprave pribudne ďalších 16 nefajčiarskych vlakov. Rýchlik Dargov, ktorý jazdí denne na trati Bratislava -- Čierna nad Tisou a späť, bude pozostávať z modernizovaných klimatizovaných vozňov.
Medzištátna doprava
Nové vlaky na Ukrajinu
Cestujúci z Čiernej nad Tisou do Čopu na Ukrajine môžu využívať dva páry nových osobných vlakov.
Os 8892 z Čiernej nad Tisou o 1.42 h a s príchodom do Čopu o 1.59 h. Os 8893 s odchodom z Čopu o 21.40 h a s príchodom do Čiernej nad Tisou o 21.58 h.
Os 8890 odchádza z Čiernej nad Tisou o 16.40 h a prichádza do Čopu o 16.57 h. Opačne jazdí Os 8891, ktorý odchádza o 10.37 a do Čiernej nad Tisou prichádza o 10.55 h.
Nefajčiarske medzištátne aj vnútroštátne vlaky
V EuroCity (EC) vlaku Košičan 120/121, ktorý jazdí z Košíc do Prahy, ani v EC vlaku 136/137 Slovenská strela, ktorý jazdí z Bratislavy hlavnej stanice do Prahy, už nebudú zaradené vozne pre fajčiarov. Ďalších 16 nefajčiarskych vlakov pribudne aj vo vnútroštátnej doprave. V súčasnosti možno fajčiť už len v dvadsiatich rýchlikoch.
Vnútroštátna doprava
Západné Slovensko
Bratislava -- Dunajská Streda -- Komárno
Os 4320 z Komárna do Dunajskej Stredy bude zrušený. ZSSK však zaviedla dva nové osobné vlaky do Dunajskej Stredy. Jeden bude jazdiť z Komárna a druhý z Bratislavy hlavnej stanice.
Os 4344 bude jazdiť len v pracovných dňoch. Z Komárna má odchod o 5.01 h, príchod do Dunajskej Stredy o 6. 10 h. Druhý nový vlak Os 4351 pôjde z Bratislavy hlavnej stanice o 22.55 h a do Dunajskej Stredy príde o 0.11 h.
Os 4329, ktorý premáva medzi Bratislavou a Komárnom, má z Bratislavy hlavnej stanice posunutý odchod takmer o hodinu. Z Bratislavy nepôjde o 17.46 h, ako doteraz, ale až o 18.40 h a do Komárna príde o 21.04 h.
Pri Os 4349 dôjde k trom zmenám. Osobný vlak už nebude odchádzať z Bratislavy hlavnej stanice, ale len z Bratislavy Nového Mesta a bude jazdiť až do Komárna. Doteraz končil vlak cestu v Dunajskej Strede. Zmenil sa aj odchod vlaku. Os 4349 pôjde z Bratislavy Nového Mesta o 21.00 h, a nie o 19.15, ako dosiaľ. Do Komárna príde o 23.16 h.
Nové Zámky -- Levice -- Zvolen
Medzi Novými Zámkami a Podhájskou bude jazdiť nový pár osobných vlakov Os 5725/5724.
Os 5725 pôjde z Nových Zámkov o 9.15 h a do Podhájskej príde o 9.52 h. Opačne, z Podhájskej Os 5724 odchádza o 13.47 h a do Nových Zámkov prichádza o 14.26 h.
Severné Slovensko
Trenčianska Teplá -- Trenčianske Teplice
Pre minimálnu vyťaženosť sú vlaky Os 3400/3401, ktoré premávali na tejto trati, zrušené bez náhrady.
Trenčianska Teplá -- Vlársky priesmyk
Os 3513 z Horného Srnia do Trenčianskej Teplej bude jazdiť už len v pracovných dňoch, preto ZSSK na tejto trati zaviedla nový osobný vlak Os 3533, ktorý bude jazdiť len počas sviatkov a víkendov a zároveň bude tvoriť prípoj k rýchliku 606 Dargov.
Žilina -- Rajec
Na tejto trati budú jazdiť dva nové osobné vlaky. Os 3806 pôjde v pracovných dňoch zo Žiliny o 5.32 h, do Lietavskej Lúčky príde o 5.45 h.
Nový sezónny Os 3820 bude premávať medzi Žilinou a Rajcom od 1. júla do 31. augusta 2006. Zo Žiliny bude odchádzať o 9.55 h a do Rajca bude prichádzať o 10.35 h.
Prievidza -- Nitrianske Pravno
Od nového školského roku bude na tejto trati jazdiť viac osobných vlakov, a to v úsekoch Prievidza -- Nitrianske Pravno a späť, kde pôjdu dva nové osobné vlaky a Prievidza -- Handlová a späť.
Pre nízku vyťaženosť bude Os vlak 5632, ktorý premával medzi Handlovou a Prievidzou, zrušený.
Žilina -- Poprad Tatry
V úseku Vrútky -- Ružomberok bude jazdiť nový osobný vlak 7877, ktorý bude tvoriť prípoj od rýchlika 703 Turiec. Z Vrútok má Os 7877 odchod o 21.07 h a príchod do Ružomberka o 21.52 h.
Aj v úseku Kraľovany -- Vrútky bude jazdiť nový Os 7876, ktorý bude mať prípoj od Oravy a zároveň zabezpečí plynulé prepojenie železničnej dopravy až do Žiliny. Osobný vlak odchádza z Kraľovian o 20.35 h a prichádza do Vrútok o 20.56 h.
Južné Slovensko
Zvolen -- Košice
Z Lučenca do Zvolena a späť bude v pracovných dňoch jazdiť nový pár osobných vlakov Os 6218/6219. Os 6218 bude z Lučenca odchádzať o 6.07 h a prichádzať do Zvolena o 7.21 h. V opačnom smere zo Zvolena má Os 6219 odchod o 16.35 h a príchod do Lučenca o 17.46 h.
Os 6213, ktorý premáva medzi Zvolenom a Fiľakovom, bude odchádzať zo Zvolena o 20 minút skôr ako doteraz, a teda o 15.42 h, a nie o 16.07 h.
Východné Slovensko
Košice -- Plaveč
Na tejto trati budú zrušené tri osobné vlaky, a to v úseku Plaveč -- Poprad Tatry Os 8312, v úseku Lipany -- Plaveč Os 8832 a v úseku Plaveč -- Lipany je to Os 8767.
Humenné -- Prešov
Na tejto trati sú zrušené dva osobné vlaky: Os 9130 a Os 9131.
Červená Skala -- Margecany
Na tejto trati sú v úseku Nálepkovo -- Červená Skala zrušené dva osobné vlaky, a to Os 7760 a Os 7780.